Internrevisionen är ett av styrelsens instrument för att utvärdera effektiviteten, ändamålsenligheten och säkerheten i den interna styrningen och kontrollen. Vid Mittuniversitetet består internrevisionen av en anställd chef för internrevisionen som arbetar på uppdrag av universitetsstyrelsen. Internrevisionen får inte delta operativt i verksamhet som omfattas, eller kan komma att omfattas av internrevision. Administrativt är chefen för internrevisionen placerad på universitetsledningens kansli.
Arbetet med internrevisionen utgår från Internrevisionsförordningen (2006:1228) och Ekonomistyrningsverkets föreskrifter till denna. Universitetsstyrelsen har fastställt riktlinjer för internrevisionen där syfte, befogenhet och ansvar för internrevisionen framgår. Internrevisionen upprättar årligen en revisionsplan som styrelsen beslutar om.